После образования системы озер Айдар-Арнасая в 70-х годах прошлого века здесь встречались только пресноводные виды планктона (бассейн р. Сырдарья), которые за последние 20 лет, в процессе осолонения озер заменяются гало толерантными пресными и морскими видами.
Начиная с 2019 г., один раз в сезон, в системе озер были проведены гидробиологические исследования, в процессе которых изучалось видовое разнообразие зоопланктона. В результате этих исследований идентифицированы 68 видов, из которых: 38 видов – Rotifera, 12 видов- Cladocera и 17 видов– Copepoda.
Впервые в системе озер были обнаружены такие виды Copepoda, как: морская гарпактицида Onychocamptus bengalensis, Swell и галотолерантные пресноводные циклопы: Cyclops heberti Einsle, Acantocyclops venustus Norman&Scott, Paracyclops fimbriatus Fisher.
Можно отметить, что для современного состояния планктона озер Айдар-Арнасая характерен так называемый эффект Ремане, согласно которому минимум морских и пресноводных видов животных наблюдается в близкой к пресной воде солоноватой зоне (при солености 5–8%).
